Warunkiem dopuszczalności stosowania równoważnego systemu czasu pracy jest wymagający tego rodzaj pracy lub jej organizacja. O tym, czy w konkretnej sytuacji rodzaj pracy lub jej organizacja uzasadniają wprowadzenie równoważnego systemu czasu pracy, decydują strony układu zbiorowego pracy lub pracodawca i zakładowa organizacja związkowa albo sam pracodawca, jako podmiot uprawniony do wydania regulaminu pracy bądź wydający ogłoszenie.
Przepisy prawa pracy nie zakazują stosowania w jednym zakładzie pracy kilku systemów czasu pracy (niedopuszczalne jest jedynie łączenie systemów czasu pracy względem jednego pracownika). Jeżeli zatem jest to uzasadnione rodzajem pracy lub jej organizacją pracodawca może część pracowników zatrudnić w ramach równoważnego systemu czasu pracy, a pozostałym pracownikom polecać pracę np. w ramach podstawowego systemu czasu pracy.